ACに集結することにより、一括して行動することができる特殊部隊と思ってください。
ACをクリックすると、「連合軍に加入」することができ、軍団をACまで送り込むことができ(スタミナ消費5)、任意に帰還させることもできます。※施設を防衛するだけの駐屯とは異なります。
※プレイヤーの情報を伏せてるので見苦しくて申し訳ないです。
連合軍に加入しただけでは、そのACに連合軍の予備隊として滞在しているだけで機能しません。連合軍として機能するためには、軍団長が連合軍を編成する必要があります。
軍団長は、連合軍としてACに滞在している軍団を選択して、チームを編成します。チーム編成は5軍団までですが、最大で20まで増加させることができるようです(開放のための欄と説明が記載されていますが省略します。研究等があるらしいのですが未到達です)。連合軍として滞在するだけ(予備役)であれば20軍団まで可能なのかもしれません。